Omstreeks 1380, ruim zeshonderd jaar geleden, werd begonnen met de bouw van de gotische Sint-Jan. Maar vóór die tijd bezat de Ilustre Lieve Vrouwe Broederschap reeds een eigen kapel in deze kerk. De nieuwe kapel, in gotische stijl passend bij de nieuwe Sint-Jan, werd bijzonder rijk uitgevoerd. Fraaie, rijkversierde gewelven bekroonden deze kapel. Het instrument voor deze kapel was een orgel, dat in Maastricht vervaardigd werd. Onderhandelingen over de aankoop hiervan werden gevoerd met Antonijs, de Maastrichtse orgelmaker die te paard naar ‘s-Hertogenbosch gekomen was op de maandag na driekoningen 1424. Zijn knechten waren in de Maasstad al aan het werk, zodat de Broederschapsleden Antonijs een som geld meegaven als een tractatie voor zijn knechten. In de zomer van 1425 werd het orgel per schip aangevoerd.

Het beroemde koor van de Broederschap heeft met begeleiding van dat orgel vele eigen composities in de Sint-Jan ten gehore gebracht. Ondermeer zongen zij bij de kerkelijke hoogtijdagen, maar eveneens bij de begrafenis van de leden van de Broederschap. Zo ook in 1516, toen Jeroen Bosch vanuit deze kapel door zijn medebroeders begraven werd. 

Na 1629 was het afgelopen met de katholieke eredienst in de Sint-Jan en ook in deze kapel, al mocht de Broederschap op beperkte schaal blijven bestaan. De kapel verloor haar oorspronkelijke functie. Ze werd gebruikt als klaslokaal voor de illustre school, terwijl er eveneens een brandspuit werd opgeslagen. Daartoe werd een aparte toegangsdeur in de buitenmuur vervaardigd.
Voor brand was men zeer bevreesd. Was in 1584 niet de hoge middentoren door de bliksem getroffen en verbrand? Op de kerk stonden ‘backen’ of regenwaterreservoire die bij brand gebruikt konden worden. In de winter moesten ze regelmatig opengehakt worden. Een speciale ‘waker ten tijde van blixem’ moest opletten op het inslaan van bliksem en het uitbreken van branden. Bij belegeringen moest hij eveneens het vijandelijk geschut in de gaten houden. Maar de brandspuit zelf werd in de kerk geplaatst. Hier werden ook de brandslangen ter droging opgehangen. En er hingen brandladders van 38 en 43 sporten hoog.

In de negentiende eeuw kwam de kerk terug in katholieke handen. Er werd een speciale regeling getroffen: de katholieken kregen de kerk, de hervormden een geldsom en de toren kwam aan de stad. De Broederschap nam echter de kapel niet meer in gebruik. Het werd een ‘gewone’ kapel in de kerk: het werd de Sacramentskapel.
Het huidige meubilair in de Sacramentskapel, de oorspronkelijke Broederschapskapel, werd in 1985 geschonken door de Illustre Lieve Vrouwe Broederschap om haar band met deze ruimte toch duidelijk te maken. De kapel is één van de twee kapellen die dagelijks in gebruik zijn als gebedsruimte: toeristen worden verzocht van het rijke interieur te genieten door de spijlen heen te kijken: de rust die er heerst mag niet verstoord worden