De Broederschap en de Oranjes
Het beleg van Den Bosch was begonnen op 30 april 1629 met de belegering en de verovering van de stad door de troepen van de Republiek der Verenigde Nederlanden onder leiding van Frederik Hendrik, de Prins van Oranje werd de stad en de omgeving losgeweekt van het oude hertogdom Brabant. Na een beleg dat ongeveer vier en een halve maand duurt, trekt Frederik Hendrik op 17 september met zijn troepen de stad in.
Twee dagen later vindt de eerste hervormde dienst plaats in de Sint-Jan in aanwezigheid van Frederik Hendrik en diens vrouw Amalia van Solms. Het is het begin van een groot keerpunt in de geschiedenis van de stad en de kathedraal. Anderhalve eeuw werd de Bosschenaren het recht op zelfbestuur en op vertegenwoordiging in de Staten Generaal ontzegd. Van enige vrije uitoefening van het katholieke geloof kon in 1629 geen sprake meer zijn en alle mannelijke geestelijken moesten binnen twee maanden de stad verlaten.
De kerkelijke goederen vervielen aan de Staten Generaal met uitzondering van de kerkelijke ornamenten die de uitgewezen geestelijkheid mocht meenemen. Van 1629 tot 1813 dient de Sint-Jan als gebedshuis voor de Nederduits Gereformeerde gemeente. Ongeveer een vijfde deel van de Bossche bevolking was protestants in deze periode, de rest bleef katholiek en waren in deze tijd voor de uitoefening van hun godsdienst aangewezen op schuilkerken.
Na de capitulatie van Den Bosch op 14 december 1629 bleef de Bossche Broederschap bestaan. In 1641 verzocht de gouverneur van Den Bosch Johan Wolfert van Brederode en enkele anderen, die behoorden tot de nieuwe protestantse bovenlaag, om lid te worden van de Bossche Lieve Vrouwe Broederschap. Voor die tijd was dat een zeer ongebruikelijke stap want zo zouden Katholieken en Protestanten lid zijn van één vereniging. Binnen de broederschap ontstond een heftige discussie en er moest gestemd worden. Met 28 tegen 23 stemmen werd besloten Protestanten toe te laten en er kwamen nieuwe statuten. Daarin werd als reden voor de openstelling van de Broederschap voor Protestanten opgegeven dat het ongewenst was dat Katholieke en Protestantse notabelen zo vijandig tegenover elkaar stonden.
Organisatorisch veranderde er ook het een en ander; de buitenleden werden afgeschaft en er zouden voortaan 18 Katholieke en 18 Protestantse leden zijn. Een groep Orthodoxe predikanten, waaronder dominee Voetius, was furieus over de omzetting van de Broederschap en dat zorgde voor heftige polemieken waar velen in betrokken werden. Uiteindelijk maakte de Staten van Holland in 1646 een einde aan het gekrakeel. De statuten van de Bossche Broederschap bleven zoals ze in 1642 waren opgesteld, getuigend van een Oecumenisch denken dat zijn tijd ver vooruit was. In 1818 nodigde men de prins van Oranje, de latere koning Willem II, uit om Zwanenbroeder te worden. Sindsdien zijn vele leden van het Koninklijk Huis lid van de Broederschap. Hiermee werd in zekere zin de oude draad weer opgepakt ofschoon voor 1600 steeds aan personen van niet-Koninklijke bloede het Zwanenbroederschap werd aangeboden als zij bereid waren jaarlijks een zwaan aan de Broederschap te schenken.